株券発行会社が株券を廃止するには、株主総会の特別決議により、その株式に係る株券を発行する旨の定款の定めを廃止しなければなりません。 株主総会の特別決議とは，議決権を行使することができる株主の議決権の過半数を有する株主が出席し（この要件は定款により3分の1まで軽減可能）、出席した当該株主の議決権の3分の2以上に当たる多数をもって行う決議です。なお、株式の一部についてのみ株券を発行したり廃止したりする旨の定款の変更は出来ません。

また、株券を発行する旨の定款の定めを廃止するための定款変更をする場合は、定款変更の効力が生ずる日の2週間前までに、次に掲げる事項を公告し、かつ、株主及び登録株式質権者には各別に通知しなければなりません。
・　株式（種類株式発行会社にあっては、全部の種類の株式）に係る株券を発行する旨の定款の定
　　めを廃止する旨
・　定款変更の効力発生日
・　定款変更の効力発生日において当該株券は無効となる旨

ただし、定款上は株券発行会社となっているものの、すべての株式について現に株券を発行していない会社が株券を発行する旨の定款の定めを廃止するための定款変更をする場合には、定款変更の効力発生日の２週間前までに、株主及び登録株式質権者に対し、上記事項を通知（または公告）すれば足りることになります。